Di bidang pendidikan keagamaan, pada masa kepemimpunan Ibu Megawati Soekarnoputri, kerjasama dilakukan dengan lembaga pendidikan Islam di luar negeri seperti dengan Pemerintah Sudan.
Seiring dengan itu, pemerintah mengubah status Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri (STAIN) Malang menjadi Universitas Islam Negeri (UIN) Malang. Peresmian perubahan dihadiri Wakil Presiden Sudan dan Wakil Presiden Republik Indonesia Bapak Dr. H. Hamzah Haz.
Perubahan juga dilakukan dengan meningkatkan status Institut Agama Islam Negeri (IAIN) Syarief Hidayatullah Jakarta menjadi Universitas Islam Negeri (UIN) di tahun 2002. Perubahan itu dirasakan manfaatnya oleh umat Islam Indonesia, khususnya wilayah Jakarta dan sekitarnya.
Menyusul peningkatan IAIN menjadi UIN dilakukan pada IAIN Sunan Kalijaga DIY, IAIN Sultan Syarif Kasim Riau, IAIN Alauddin Makassar dan IAIN Gunung Jati Jawa Barat. Hal ini sangat membantu dalam pengembangan pendidikan Islam di Indonesia.
Peningkatan status itu semakin membuka peluang kerja sama dengan negara-negara Islam antara lain Saudi Arabia, Mesir, Sudan, Maroko dan negara Islam lainnya, yang berkomitmen mengembangkan kegiatan pendidikan agama dan keagamaan di Indonesia.
Peningkatan status juga terjadi di sejumlah Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri (STAIN) menjadi IAIN. Sejumlah sekolah itu adalah STAIN Serang, STAIN Gorontalo, STAIN Datuk Karana Palu dan STAIN Mataram. Upaya ini terus ditingkatkan dan dikembangkan dalam rangka mengantisipasi berbagai permasalahan pendidikan agama yang semakin variatif, dinamis dan semakin kompleks di masa yang akan datang.
Perubahan dan peningkatan status beberapa Sekolah Tinggi Agama Islam (STAI) swasta menjadi STAIN dilakukan antara lain pada STAI Abdurrahman Bangka Belitung, STAI Al Fattah Maluku, STAI Lhokseumawe Aceh dan STAI Langsa Aceh Timur. (Said Agil Al-Munawar dalam The Brave Lady)
